我國科研團隊發(fā)布水稻完整參考基因組
科技日報北京8月23日電 (記者馬愛平 通訊員馬昕怡)水稻是重要的糧食作物,其基因組組裝對水稻育種意義重大,。23日,,記者從中國農(nóng)業(yè)科學院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所獲悉,該所聯(lián)合崖州灣實驗室,、中國水稻研究所、中國農(nóng)科院作物科學研究所和揚州大學等多個單位發(fā)布完整的水稻參考基因組,實現(xiàn)了全基因組所有染色體端粒到端粒無缺口組裝,,為水稻育種研究提供了新的有力工具和重要大數(shù)據(jù)基礎。相關研究成果日前發(fā)表在《分子植物》(Molecular Plant)上,。
2005年,,水稻品種“日本晴”基因組草圖發(fā)布,水稻研究正式跨入基因組學時代,。
此后,,“日本晴”參考基因組在2013年進一步更新,大幅改善了基因組組裝結(jié)果和基因注釋,,成為水稻的標準參考基因組,,一直沿用至今。然而,,由于當時測序和組裝技術限制,,該基因組對復雜結(jié)構區(qū)域的組裝存在占全長3%左右的缺口,這些缺口阻礙了水稻育種的研究進程,。
論文通訊作者,、中國農(nóng)業(yè)科學院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所研究員商連光介紹,為此,研究團隊以水稻“日本晴”為材料,,綜合利用新一代測序技術,,完成了“日本晴”參考基因組的完整組裝,其大小為385.7百萬堿基對,,每條染色體的端粒到端粒均由一條完整連續(xù)的序列組成,,堿基精確度超過99.9999%,最新的組裝新增了12.5百萬堿基對的基因組序列,,主要解鎖了水稻基因組中結(jié)構最為復雜的核糖體DNA序列,、著絲粒區(qū)域、復雜轉(zhuǎn)座子序列和端粒區(qū)域等,,修正了多個由于缺口導致的基因結(jié)構錯誤,,新增了1324個蛋白編碼基因注釋,該研究為水稻育種研究奠定了重要理論基礎,。
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